Perubahan Kementrian Agama menjadi Kementerian Haji, Zakat ,dan Wakaf rupanya menjadi signal akan semakin sekulernya Indonesia , menteri agama Lukman Hakim menentang keras akan pergantian nama ini mengingat tugas Kemenag adalah memberikan perlindunagn serta mengurus seluruh umat beragama di Indonesia tidak hanya konsen kepada maslah haji, zakat, dan wakaf saja.

Isu di hilangkannya status agama pada Kartu Tanda Penduduk (KTP) juga menjadi pembahasan yang hangat di kalangan anggota legislator pasalnnya penghilangan status ini akan menambah hilangnya status kebangsaan kita sebagai bangsa yang beragama.

Beberapa isu yang berbau sara juga sempat merebak bahwa Jokowi akan memberikan hak kepada seluruh pihak yang terkait untuk membangun rumah ibadah sebebas-bebasnya tanpa diikat lagi oleh aturan seperti, jumlah jamaat yang harus minimal 50 KK, tidak boleh membangun rumah ibadah di samping rumah ibadah umat beragama yang lain serta harus meminta ijin kepada pihak terkait.

Derasnya Isu ini juga di kaitkan dengan studi banding yang di lakukan oleh partai PDI-p kenegara komunis seperti China , seperti kita ketahui Chuna sendiri memang tidak memiliki lembaga yang mengatur soal agama dan tidak terlalu megurusi masalah agama di negaranya.